Con el pasar de los años y la invención y mejoría del microscopio se pudo establecer el reino Mónera, Protista y finalmente el Fungi.
Distinguió y estableció los reinos Vegetal y Animal, lo dos reinos de seres vivos y además trató a los minerales en un grupo aparte ya que no tenían vida.
Llamó al tercer reino Protista y lo definió como el "primordial", el reino de las formas primitivas e intermedio entre los reinos Animal y Vegetal.
En sus investigaciones separa los Protistas con núcleo definido de las bacterias que no poseen núcleo, estableciendo el sistema de clasificación de cuatro reinos siguiente (Plantas, Animales, Protista y Mychota o Monera para las bacterias.
Reconoce en sus investigaciones un reino adicional de los hongos (Fungi). El resultado fue el sistema de los 5 reinos, que se convirtió en un estándar muy popular y que, aún hoy se utiliza en muchas obras o constituye la base para nuevos sistemas de clasificación propuestos.
Se consolida la teoría de clasificación de los seres vivos en 5 reinos principales: Reino Animal Reino Vegetal Reino Protista Reino Monera Reino Hongos
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