Die Alpen-Initiative hatte das Ziel, die Alpen vor den negativen Auswirkungen des Verkehrs zu schützen. Zudem beinhaltete sie ein Verbot für den Ausbau der Transit-Strassen und die Förderung der Verlagerung des Verkehrs auf die Schiene. Die Annahme der Initiative legte das Fundament für die Gründung von SBB Cargo.
Die leistungsabhängige Schwerverkehrsabgabe (LSVA) hat ab dem 1. Januar 2001 die zuvor verbreitete pauschale Schwerverkehrsabgabe abgelöst. Das Ziel war eine Begrenzung des Wachstums des Strassenschwerverkehrs sowie die Verlagerung des Güterverkehrs auf die Schiene, um damit die Umwelt zu schützen.
Im Jahr 2001 wurde die SBB Cargo AG offiziell gegründet. Der Grundstein dafür wurde bereits im Jahr 1999 gelegt. Die SBB wurde als ehemaliger Regiebetrieb des Bundes als Folge der ersten Bahnreform in der Schweiz in eine spezialgesetzliche Aktiengesellschaft umgewandelt und in die drei unabhängigen Divisionen Personenverkehr, Güterverkehr und Infrastruktur aufgeteilt.
Im Frühjahr 2002 hat SBB Cargo das erste Mal die Streckenlokomotive des Typs Re 482 auf der Rheinstrecke zwischen Basel und Köln eingesetzt. Es handelt sich dabei um eine Zweisystemlokomotive für 15 kV, 16 2/3 Hz und 25 kV, 50 Hz. Zugelassen waren die Lokomotiven für das deutsche und das Schweizer Bahnnetz. Für den Eintritt in den deutschen Markt wurde die Swiss Rail Cargo Köln (SRC Köln) gegründet. Die Gütertransport- Firma war das Ergebnis einer Kooperation von SBB Cargo, Häfen und Güterverkehr Köln sowie Hupac Intermodal. Sie hat die Nord-Süd-Achse Westhäfen-Köln-Basel bedient. Ziel der Partner war ein Wachstum im Güterverkehr und damit ein Beitrag zur Verlagerung des Verkehrs auf die Schiene. Im Jahr 2004 wurde aus der SRC die SBB Cargo Deutschland.
SBB Cargo hat erstmals internationale Güterzüge aus Deutschland ohne Lokwechsel von Bellinzona via Grenzbahnhof Luino direkt nach Gallarate (Italien) gefahren. Möglich hat das der Einsatz der neuen Lokomotive Re 484 gemacht. Sie ist eine Weiterentwicklung der Re 482 und wurde eigens für den internationalen Verkehr zwischen der Schweiz und Italien beschafft. Sie verfügt entsprechend über eine 15 kV-Wechselstromausrüstung und eine 3-kV-Gleichstromausrüstung. Aufgrund des Wegfalls des Lokwechsels im Grenzbahnhof Luino konnte die Qualität und Pünktlichkeit der internationalen Züge verbessert werden.
SBB Cargo hatte 30 Millionen Franken in das Industriewerk in Bellinzona investiert und startete mehrere Programme zur Produktivitätssteigerung. Die Massnahmen ermöglichten es, die Unterhaltsdienstleistungen zu tieferen Kosten zu erbringen. Das Industriewerk Bellinzona wurde zum einzigen Kompetenzzentrum für den Grossunterhalt von Streckenlokomotiven und Güterwagen von SBB Cargo.
Dank der Kooperation mit der Stiftung myclimate kann SBB Cargo ihren Kunden einen komplett klimaneutralen Gütertransport anbieten. Die Massnahmen zum Klimaschutz erlauben es, die unvermeidlichen CO2-Emissionen einer Bahnfahrt an einem anderen Ort zu neutralisieren. Das kann zum Beispiel im Kanton Graubünden sein, wo ein Projekt zur klimaoptimierten Waldbewirtschaftung unterstützt wird.
Der Produktionsverbund Xrail wurde mit dem Ziel gegründet, den europäischen Wagenladungsverkehr in Hinblick auf Kundenfreundlichkeit, Effizienz und Wettbewerbsfähigkeit zu optimieren. Gemeinsam sorgen sieben Partnerbahnen für zuverlässige und umweltfreundliche Transporte von Einzelwagen und Wagengruppen durch ganz Europa. Die Allianz besteht aus CFL cargo, DB Cargo, Fret SNCF, Green Cargo, Lineas, Rail Cargo Group und SBB Cargo. Die sieben Mitglieder der Xrail Allianz bieten ihre Services derzeit in 13 Wagenladungsverkehrsnetzen in Europa an.
Die SBB Cargo International AG hat im Jahr 2011 den operativen Betrieb aufgenommen. Als Tochtergesellschaft der SBB und Marktführerin im Nord-Süd-Korridor durch die Schweizer Alpen verbindet sie die Nordseehäfen mit den wichtigsten Wirtschaftsknotenpunkten Italiens und bieten ihren Kunden eine nahtlose Gütertransportlösung an.
SBB Cargo hat im Jahr 2012 die erste von 30 Hybridlokomotiven in Betrieb genommen. Das moderne Zweikraftfahrzeug hat einen Diesel- sowie Elektroantrieb und ermöglicht einen ökonomischeren und ökologischeren Wagenladungsverkehr. Die Lokführer können rasch zwischen Elektro- und Diesel-Hilfsantrieb umschalten. Das spart Zeit und Kosten, da keine aufwändigen Lokwechsel mehr notwendig sind, um die nicht elektrifizierten Anschlussgleise der letzten Meile zu befahren.
