En 1890 Herman Hollerith (1860-1929) desarrolló un sistema de tarjetas perforadas eléctricas y basado en la lógica de Boole, la máquina tabuladora. La máquina de Hollerith se usó para tabular el censo de aquel año en los Estados Unidos.
A través de este mecanismo se empezó a automatizar información, con la desventaja de que solo se podía hacer de forma secuencial.
Fue la primera computadora comercial fabricada en Estados Unidos. Utilizaba cintas magnéticas en vez de tarjetas perforadas.
Según las computadoras fueron ganando velocidad y capacidad, aparecieron sistemas de bases de datos de propósito general; a mediados de 1960 ya había algunos sistemas en uso. En esta década destacaron "Database Task Group" dentro de CODASYL, y más adelante (1968) "IMS", el SGBD de IBM.
En 1970 Edaward Frank Codd introduce la idea de modelo relacional de BD, cuyas bases son: 1.Abstraer la representación de datos, 2.Minimizar la redundancia de datos (dividiendolos en distintos grupos no duplicados), 3.Incrementar la consistencia de los datos (por ejemplo si se cambia el nombre de un cliente, este cambiará en todos los reportes). En 1973, INGRES (fundada por Berkeley, Eugene Wong y Michael Stonebraker) produjo sus primeras versiones de prueba que estuvieron listas para uso general en 1979. INGRES era muy similar a System R de IBM en varios aspectos, incluyendo un lenguaje para acceso a los datos, conocido como QUEL. Con el paso del tiempo, INGRES adoptó el estándar SQL.
IBM comenzó a trabajar a principios de 1970 en un prototipo lejanamente basado en los conceptos de Codd llamándolo System R. La primera versión estuvo lista en 1975, y comenzó así el trabajo en sistemas multi-tabla en los que los datos podían disgregarse de modo que toda la información de un registro (alguna de la cual es opcional) no tiene que estar almacenada en un único trozo grande. Las versiones multi-usuario siguientes fueron probadas por los usuarios en 1978 y 1979, tiempo por el que un lenguaje SQL había sido estandarizado. Las ideas de Codd se revelaron como operativas y superiores a las de CODASYL, lanzando a IBM al desarrollo de una verdadera versión de producción de System R, conocido como SQL/DS, y posteriormente como Database 2 (DB2). Por otro lado Stonebraker aplicó las lecciones de INGRES al desarrollo de una nueva base de datos (Postgres) conocida ahora como PostgreSQL. PostgreSQL se utiliza para muchas aplicaciones críticas (los registros de dominios .org y .info lo usan para su almacenamiento primario, así como grandes compañías e instituciones financieras).
Durante la década de 1980 el auge de la programación orientada a objetos influyó en el modo de manejar la información de las bases de datos. Programadores y diseñadores comenzaron a tratar los datos en las bases de datos como objetos. Esto quiere decir que si los datos de una persona están en la base de datos, los atributos de la persona como dirección, teléfono y edad se consideran que pertenecen a la persona, no son datos extraños. Esto permite establecer relaciones entre objetos y atributos, más que entre campos individuales.
El siglo XXI trajo una nueva tendencia en las bases de datos: el NoSQL. Esta tendencia introducía una línea no relacional significativamente diferentes de las clásicas. No requieren por lo general esquemas fijos, evitan las operaciones join almacenando datos desnormalizados y están diseñadas para escalar horizontalmente. La mayor parte de ellas pueden clasificarse como almacenes clave-valor o bases de datos orientadas a documentos.
Las Bases de Datos XML forman un subconjunto de las Bases de Datos NoSQL. Todas ellas usan el formato de almacenamiento XML, que está abierto, legible por humanos y máquinas y ampliamente usado para interoperabilidad. En esta categoría encontramos: BaseX, eXist, MarkLogic Server, MonetDB/XQuery, Sedna.
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