Dossier spécial bioinformatique

Dossier réalisé par le GIS Biotechnologies Vertes

Les progrès génétiques, moléculaires et plus récemment génomiques ont permis une évolution rapide de la biologie ces dernières décennies. Ces changements entraînent une accumulation massive de données et une augmentation croissante de paramètres. En biologie végétale, l’émergence de la sélection génomique et des approches haut-débit (génotypage, phénotypage) bouleversent les codes de l’amélioration variétale. C’est pour répondre à ces enjeux que de nombreux outils bioinformatiques ont vu le jour. Programme fédérateur en génomique végétale, Génoplante a largement contribué au développement de la bioinformatique en France depuis une quinzaine d’années. ;xNLx;Multidisciplinaire, la bioinformatique a révolutionné de multiples champs de recherche comme l’étude des réseaux de régulation moléculaires et biochimiques, l’analyse fonctionnelle des génomes, la gestion des données « omics » et la modélisation. Elle est aujourd’hui indispensable pour favoriser la transversalité des connaissances et le partage de données, notamment dans le cadre de projets collaboratifs impliquant des partenariats complexes, au niveau national et international.;xNLx;;xNLx;L’évolution nécessaire des techniques d’amélioration des plantes pour faire face aux défis climatique et alimentaire actuels ne se fera qu’en synergie avec le développement d’outils informatiques puissants, adaptés à l’ère de la génomique et des « big data ». C’est dans ce contexte que nous vous proposons ce dossier sur les initiatives et faits marquants en bioinformatique issus du programme Génoplante.;xNLx;;xNLx;Nous remercions chaleureusement Nathalie Rivière, Manuel Ruiz, Delphine Samson-Steinbach, Brigitte Mangin, Jérôme Gouzy et Johann Joets pour leurs contributions à la rédaction de ce dossier.;xNLx;;xNLx;

2000-01-01 15:08:11

Mise en place d'un Système Bioinformatique pour les partenaires Génoplante

2000-07-01 21:54:10

Les débuts de GnpIS

2000-08-05 00:00:00

La détection de QTL, une priorité en génomique végétale

2001-01-01 15:24:27

GnpIS : développement des modules

2001-12-31 21:27:53

Deux outils pour la détection des QTLs : MCQTL et BioMercator

L’arrivée des premiers outils sur les QTL a débuté en 2001 avec la mise en place de MCQTL et BioMercator

2006-03-01 10:56:53

Projet BIEP (2006-2008)

2007-01-01 00:49:14

Le projet LEGOO : une initiative en bioinformatique pour les légumineuses

2007-01-01 15:36:54

Projet MCQTL_LD (ANR 2007)

2008-01-01 15:36:54

Projet MetaQTL (ANR 2008)

Le projet MetaQTL a permi de perfectionner le logiciel Biomercator pour l’adapter au nombre croissant de base de données disponibles et de génomes végétaux séquencés et annotés.

2008-01-01 21:54:10

Projet GnpInteGr (2008-2009)

2008-01-01 21:54:10

Projet GnpAnnot (2008-2011)

2009-01-01 00:49:14

MS-DMind : un outil bioinformatique dédié à l’analyse protéique

2011-01-01 03:01:21

Les Investissements d’Avenir : un moyen de faire évoluer GnpIS pour répondre aux besoins des utilisateurs

2011-02-01 21:54:10

Projet GnpAsso (2011-2014)

2011-05-18 15:24:27

Intégration des données QTL dans GnpIS

2012-04-01 20:01:41

Exemples d'intiatives internationales

La compatibilité des données et l’interopérabilité des systèmes à l’échelle internationale seront une priorité dans les années à venir.

2012-07-01 13:11:45

Projet SUNRISE : exemple de mise en place d'une archive

2014-05-01 02:14:50

GnpIS aujourd'hui

Développé en partenariat grâce à de nombreux financements nationaux et européens depuis près de 15 ans, GnpIS est aujourd’hui considéré en France comme un outil bioinformatique de référence en biologie végétale.

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